名偵探柯南之瞳孔中的暗殺者于2000年上映。名偵探柯南之瞳孔中的暗殺者也被叫做瞳孔中的暗殺者。

連續兩位東京警視廳的現任刑事慘遭殺害，而遇害的兩位刑事都手握警察手冊氣絕身亡。
這意味著甚麼？是對付警察的恐怖行為、或是過激派的暴行？
警視廳正對此凶殺案件有關的人事物及警察組織內部著手進行搜查。
而巨大組織的內部秘密卻如高牆般不可窺探！
江戶川柯南與小五郎前往警事廳向目暮警官、白鳥警官查詢有關殺人事件的情報，
但是友善的倆人卻以此事不可告之而拒絕了。
在小五
郎努力追問下，卻得到白鳥警官一句：「Need
not
to
know〔不需要知道〕……」
這是警察之間所用的密語，也就是說殺人事件與警察
內部組織有關！
小蘭也遭魔掌襲擊……
小五郎
、柯南和多名警察參加白鳥警部妹妹的婚宴，席間突然停電，小蘭和女警佐藤都在化妝室中，
正當小蘭拿起身旁的手電筒時槍
聲卻響起，佐藤女警為掩護小蘭而挨槍，聽到槍聲的小五郎等人湧入化
室時犯人卻已不著痕迹地脫逃了，這時，小蘭卻因承受不了佐藤
女警重傷昏迷的打擊，從此喪失了所有的記憶！
Need
not
to
know
一連串的殺人事件與隱藏在警察組織內部的秘密使得柯南開始著手調查兩者間線索的關聯。為了保護小蘭的生命，以及喚回小蘭對工藤新一的記憶，柯南誓死也要將此精心策劃完全犯罪的凶手繩之以法！

出演名偵探柯南之瞳孔中的暗殺者的明星有山口勝平, 神谷明, 茶風林, 高山南。