機動警察 13號廢棄物于2001年上映。機動警察 13號廢棄物也被叫做機動警察3, WXIII: Patlabor the Movie 3。

一架隸屬於美國的運輸機墜落到東京灣，恐怖的經歷就此展開……
　　數日後，接連發生的機械人被襲擊案件導致數名駕駛員的死亡，刑事久住武史和助手泰真一郎開始調查此案。在調查過程中，心不在焉的一郎認識了岬冴子，對她產生了愛慕。襲擊事件仍舊繼續發生著，不僅是機械人，連普通人也有數人死於非命，而且在東京灣內，漁民發現了巨大的不明物體。
　　在得知巴比倫基地發生怪異事件后，兩位刑事趕到基地，卻被一隻巨大的怪物追擊而險些喪命。
　　此時，東都生物醫學研究所的所長似乎知道整件事情的來龍去脈，而久住武史和泰真一郎也追查到了這裏，他們發現岬冴子原來是這裏的研究員，她的可疑之處頗多，而一郎也了解到冴子悲慘的過去。
　　經過努力，案情基本得到確認：怪物是實驗室的樣品，代號是「13號」。為了消滅怪物，各方決定協同作戰，並由特車2課第2小隊實行消滅任務！當13號落入圈套時，冴子也選擇了結束生命，而一郎卻無法阻止這一切的發生……

出演機動警察 13號廢棄物的明星有二又一成, 大林隆之介, 池田勝, 田中敦子。